ولد الشيخ سالم بن عمر بوحاجب ببنبلة , إحدى قري الساحل التونسي ونشأ نشأة قروية فكان يقوم بأعمال فلاحية في ضيعة أبيه ويحفظ القرآن ومبادئ الكتابة في كتاب القرية , ثم رحل إلي تونس العاصمة فسكن عند عمّه الذي كان معلّما خاصا لأبناء مصطفى آغة بقصره بباردو .

وفي أواخر سنة 1258 هـ /1842- 1843 م التي أحدث فيها المشير الأول أحمد باشا باي تنظيما جعل به التعليم الزيتوني تعليما رسميا , دخل الشيخ سالم بوحاجب إلي جامع الزيتونة الأعظم وأخذ فيه العلوم الشرعية .

سرعان ما برز الشيخ سالم بوحاجب من بين أقرانه ونال إعجاب شيوخه ,وبفضل مثابرته في البحث ارتقى إلى درجة رفيعة في التمكن من العلوم الشرعية وبخاصة العلوم العربية واللغوية والحضارية فسرعان ما اشتهر في الأوساط العلمية وقربت منزلته من أعيان الطبقة العليا من علماء عصره وخصوصا منهم الشيخ محمد بيرم الرابع المدرس و المفتي ثمّ باش مفتي حتي صار من المقرّبين لديه المنسوبين إليه المواظبين على جلسات ناديه العلمي والأدبي حيث تعرف على العالم الجليل محمود قابادو الذي تأثّر بآرائه الإصلاحية أيّما تأثر , كما كانت صلته متينة بالشيخ القاضي ثم المفتي ونقيب الأشراف محمد الطاهر ابن عاشور الأول فكان من ملازميه وأهل ودّه .

انتصب الشيخ سالم بوحاجب للتدريس بجامع الزيتونة سنة 1265 هـ /1848- 1849 م, واستمر يبث العلم في صدور طلابه إلي سنة 1330 هـ /1911- 1912 م . وارتقي الشيخ سالم بوحاجب من طبقة المدرسين المتطوعين إلى الطبقة الثانية سنة 1850 م , ثم ارتقى في شوّال سنة 1280 هـ /1863 م إلي الطبقة العليا . وقام الشيخ سالم بوحاجب بتدريس عدد من الكتب المهمة لطلابه مثل الموطأ وصحيح البخاري في علم الحديث وشرح الاشموني على ألفية ابن مالك في علم النحو و المزهر للسيوطي في علم اللغة كما اعتني بإحياء تدريس علم الأصول بعد أن كاد ينقرض من جامع الزيتونة فأخذ يدرس شرح العضد علي مختصر ابن الحاجب.